1913年8月31日是荷兰独立100周年，正是在这样的背景下，埃因霍温足球俱乐部在隆重的纪念活动后正式成立，当年修建的飞利浦体育场一直使用至今。

1914年，埃因霍温正式开始参加荷兰足球联赛。经过十多年的努力，埃因霍温终于在1929年夺得了俱乐部历史上第一个联赛冠军，随后又在1950年夺得了首届荷兰杯冠军。五年后的1955年，埃因霍温成为第一支成功打入欧洲杯决赛的荷兰球队。值得一提的是，在56-57赛季，埃因霍温俱乐部历史上最伟大的射手迪伦打进了43个联赛进球，这一辉煌纪录一直保持至今。

说到射手，不得不提罗纳尔多、罗马里奥和范尼斯特鲁伊，这三位著名前锋都曾效力于埃因霍温。讲究技术的荷兰人，对巴西籍外援一直青睐有加。1988年，独狼罗马里奥来到埃因霍温，他的到来帮助球队取得了俱乐部历史上最辉煌的辉煌。1993年罗马里奥的离开，对埃因霍温并没有造成太大影响，因为他们引进了另一位天才球星罗纳尔多，虽然后者只在荷兰呆了两年，但这位外星人却帮助球队在1995/96赛季夺得了荷兰杯的冠军。如今在曼联大放异彩的范尼斯特鲁伊，也曾在埃因霍温效力三个赛季。

70年代中期，埃因霍温迎来了俱乐部的辉煌时代，当时他们拥有众多大牌球星，并夺得1974/75、1975/76、1977/78赛季的联赛冠军以及1973/74、1975/76赛季的荷兰杯冠军。这份辉煌随着他们首次夺得欧洲杯而完美落幕。1978年5月9日，埃因霍温在主场以3:0战胜法国球队巴斯蒂亚，夺得欧洲联盟杯冠军。

辉煌过后，埃因霍温随即改组转型，并在80年代末期获得回报。由古利特、罗马里奥、科曼等著名球星组成的阵容让埃因霍温再创辉煌。从85/86赛季到91/92赛季的七个赛季中，埃因霍温共夺得6次联赛冠军和3次荷兰杯冠军。87/88赛季，埃因霍温在优胜者杯决赛中通过加时赛点球大战战胜葡萄牙本菲卡队，夺得国内联赛和杯赛双冠王后，埃因霍温再次称霸欧洲赛场，成为历史性的三冠王。

沉寂数年之后，埃因霍温卷土重来，先后夺得1996/97、1999/00、2000/01赛季的联赛冠军。刚刚结束的2002/03赛季，成功率领韩国队闯入世界杯四强的希丁克重返荷兰，率领埃因霍温击败老对手阿贾克斯，夺回失落一年的联赛冠军。如今，希丁克将目光投向了新赛季的欧冠赛场，雄心勃勃的埃因霍温不甘于只在国内联赛称霸。